La bibliothèque possède quelques centaines de manuscrits médiévaux et incunables, mais elle n'est encore jamais parvenue à publier un catalogue de ses fonds les plus importants. Un catalogue sous forme de classeurs est néanmoins disponible à la réserve des livres rares (specialläsesalen). Quelques collections ont cependant été décrites dans certaines publications. Outre le fonds général, les collections comprenant des manuscrits médiévaux et/ou des incunables sont les suivantes: Ettbladstryck och inkunabelfragment; Husebysamlingen; Svenska bibelsällskapet; Sankta Eugenia Katolska Församling; Gustaf Berghmans samling; Arvid Gabrielsons samling; Gunnar Tilanders samling.

• Stephens, George, Förteckning öfver de förnämsta brittiska och fransyska handskrifterna, uti Kongl. bibliotheket i Stockholm, Stockholm, Nordstedt, 1847, xii + 205 p. [GB]